FormaPure XL 성능 및 데이터

 

수동 또는 자동으로 FFPE 조직에서 RNA, DNA 또는 전체 핵산 추출

formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) 조직에서 핵산 추출은 조직의 특성상 매우 까다롭습니다. FormaPure XL 시약 키트는 NGS (Next-Generation Sequencing) 및 qPCR을 포함한 기타 다운 스트림 응용 분야에서 사용할 수 있는 입증된 기능을 갖춘 단일 화학 시스템을 대표 합니다. 중요한 유전 정보를 잃을 위험을 최소화하기 위해 FFPE 시료에서 완전성, 수율 및 순도를 최대화해야합니다.

  • 단일 FFPE 샘플에서 NGS 호환 RNA 및 / 또는 DNA의 일관된 추출을 보여주는 데이터
  • 10µM ~ 70µM 샘플에 사용할 수 있는 입증된 유연한 단일 화학 시스템
  • qPCR 및 NGS 응용 분야에 대한 향상된 감도를 지원하는 더 높은 무결성 핵산*

RNA 무결성으로 시작하는 NGS 성능

단편 분석에 따르면 FormaPure XL 시약 키트는 컬럼 기반 키트를 사용하여 동일한 블록에서 추출한 RNA보다 DV200 점수가 높은 RNA를 추출합니다. DV200이 높을수록 NGS 성능이 향상 될 수 있습니다.

Genomics FormaPure XL Performance Figure 1 and 2

Figure 1 and Figure 2

그림 1 및 그림 2 : FormaPure XL Total 및 FormaPure XL RNA는 컬럼 기반 키트보다 높은 무결성으로 RNA를 분리합니다. RNA는 Agilent RNA ScreenTape에서 평가되었습니다. 4 개의 다른 FFPE 샘플에서 FormaPure XL RNA (파란색 흔적) 및 대체 열 기반 키트 (주황색 흔적)로 분리 된 RNA. 7 개의 10 μm유방 및 장으로부터 추출을 수행 하였다. DV200 값은 각각의 전기영동도에 대해 재조정된다. DV200 백분율 값은 200 개 초과의 뉴클레오티드보다 큰 RNA 단편의 백분율을 나타낸다.

Genomics FormaPure XL Performance Figure 3

Figure 3

그림 3 : FormaPure XL Total 및 FormaPure XL RNA는 Agilent RNA ScreenTape에서 평가 한 바와 같이 컬럼 기반 키트와 초음파 처리 기반 용해 키트보다 동일하거나 높은 무결성으로 RNA를 분리합니다. 추출은 유방, 장, 전립선 및 폐 조직의 10 uM 컬에서 이루어졌다. DV200 값의 평균 백분율은 3 개의 기술 반복 실험에 대해 표시되며 오류 막대는 3 개의 기술 복제 실험의 표준 편차를 나타냅니다.

핵산 수율은 다음 변수에 의해 결정됩니다:
조직 유형; 조직 크기; 종양 유형; 고정 방법; 파라핀 포매 방법; 시약; 보관 조건; 조직 투입량; 추출 화학; 조직 블럭의 연령.

Genomics FormaPure XL Performance Figure 4

Figure 4

그림 4 : 5 가지 FFPE 조직 샘플 유형에서 FormaPure XL Total과 컬럼 기반 키트를 사용하여 RNA와 DNA를 분리했습니다. 모든 추출은 7 개의 10 μM 컬로 수행되었습니다. 세 가지 기술 복제본의 평균 수율이 위에 나와 있습니다. Quant-it assay (ThermoFisher Scientific)를 사용하여 핵산 수율을 추정 하였습니다.

FormaPure XL을 사용하면 원하는 양의 컬을 추출 할 수 있습니다. 모든 실험실이 추출 할 동일한 양의 조직을받는 것은 아닙니다. FormaPure XL을 사용하면 사용자가 정의 할 수 있는 만큼 또는 적은 조직에서 추출 할 수 있습니다.

Number of Curls

RNA Yield (ug)

DNA Yield (ug)

1

1.0

1.2

3

3.5

3.1

5

10.3

11.3

7

13.3

9.5

표 1 : RNA 및 DNA를 FFPE 유방 조직으로부터 FormaPure XL Total로 분리 하였습니다. 점점 많은 컬이 사용되었습니다. 핵산 수율은 7 개의 10 μM 컬로부터 추출 된 DNA를 제외하고 (컬 (curl) 내의 조직 함량의 변화로 인해) 컬 수가 증가함에 따라 증가 하였습니다.

Visual Workflow

Genomics FormaPure XL Performance Workflow

  1. FFPE 조직 탈 파라핀 화
  2. FFPE 조직 용해 및 RNA 디크로스링크
  3. RNA 작업 과정을 위해 용해물의 절반을 옮김
  4. RNA를 자성 비드에 바인딩
  5. 오염 물질로부터 자성 비드 분리
  6. 80% 에탄올로 자성 비드를 세척하여 오염 물질 제거
  7. 시료에 DNase I 처리
  8. RBA를 사용하여 RNA를 자성 비드에 리바인드
  9. 오염 물질로부터 자성 비드 분리
  10. 오염 물질을 제거하기 위해 70% 에탄올로 자성 비드를 세척
  11. 자성 비드에서 RNA 용출
  12. DNA 작업 과정을 위해 남은 용해물 진행
  13. DNA 디크로스링크
  14. DNA 작업 과정을 위해 남은 용해물을 옮김
  15. 시료에 RNase A 처리
  16. 자성 비드에 DNA 바인드
  17. 오염 물질로부터 자성 비드 분리
  18. 80% 에탄올로 자성 비드를 세척하여 오염 물질 제거
  19. 자성 비드에서 DNA 용출
  20. 용출된 RNA 및 DNA를 저장 플레이트로 옮김

자동화 방법 vs. 수동 실험 시간

FormaPure XL Total, RNA 및 DNA는 수동 또는 자동 워크 플로우에 적합한 유연한 추출 키트 세트입니다.

  • 처리량에 따라 확장 가능
  • 즉시 구현 가능한 메소드로 빠른 전환
  • 단일 공급 업체의 시약, 자동화 및 분석법에 대한 지식이 풍부한 지원

FormaPure XL Total

FormaPure XL DNA

FormaPure XL RNA

Manual

Automated

Manual

Automated

Manual

Automated

Batch Size

8

Hands-on Time

3.5

0.5

1

0.5

2

0.5

Total Time

6.5

6

3.5

5.25

4.5

5

24

Hands-on Time

4

0.5

1.5

0.5

2.5

0.5

Total Time

7

6.25

4

5.5

5

5

48

Hands-on Time

NR

0.5

NR

0.5

NR

0.5

Total Time

NR

6.5

NR

5.5

NR

5.5

96

Hands-on Time

NR

0.5

NR

0.5

NR

0.5

Total Time

NR

6.75

NR

5.75

NR

5.5

표 2: 8, 24, 48 및 96 FormaPure XL Total, RNA 또는 DNA 핵산 추출을 수행하는 데 필요한 예상 실제 시간 및 총 시간 입니다. 이 방법은 수동 또는 자동 분주기에서 자동으로 수행 할 수 있습니다. 이 표에 표시된 데이터는 Biomek i7 하이브리드를 기반으로합니다. 수동과 자동화의 시간 차이가 표시됩니다. NR=권장되지 않음.

FFPE 조직에서 RNA, DNA 및 전체 핵산 분리를 위한 FormaPure XL 제품

FormaPure 시약 키트는 응용 분야 및 처리량 요구에 따라 다양한 키트 크기 및 추출 유형으로 제공됩니다. 견적을 위해 이 페이지의 양식을 작성하여 저희에게 연락하십시오


Part Number

Name

Preps

C35991

FormaPure XL Total

50

C35992

FormaPure XL Total

96

Part Number

Name

Preps

C35996

FormaPure XL DNA

50

C35997

FormaPure XL DNA

96

Part Number

Name

Preps

C36000

FormaPure XL RNA

50

C36001

FormaPure XL RNA

96

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