SPRIselect 비드 기반 시약
어플리케이션: DNA 사이즈 선별, PCR 정제, NGS 클린업
40개 이상의 NGS 라이브러리 준비 키트에 제안된 SPRIselect 시약은 로트 간 편차를 최소화하면서 DNA 크기 선택 과정에서 유연성과 제어를 제공합니다. 또한 실온에서 안정적입니다.
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개요
SPRIselect 비드 기반 시약은 과학자들이 고품질의 염기서열 분석 데이터를 생성하는 데 중요한 NGS 라이브러리 준비 과정에서 크기 선택 단계를 보다 효과적으로 제어할 수 있도록 설계되었습니다. 이는 상자성 비드를 사용하여 핵산을 유형과 크기별로 선택적으로 결합하는 검증된 SPRI 기술을 기반으로 합니다.
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fragmented DNA를 사용하여 작업
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150bp에서 800bp까지 조정 가능하여 특정 애플리케이션 및 염기서열 분석기를 손쉽게 조정
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젤, 칩 또는 특수 기구가 필요하지 않음
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여러 실행 및 시약 로트 간의 높은 수준의 예측 가능성과 일관성
SPRIselect 시약의 간소화된 워크플로우 및 자동화 기능은 크기 선택 프로세스를 보다 간소화하고 오류 발생 가능성을 줄여 결과적으로 더 빠르고 안정적인 염기서열 분석 결과를 제공합니다.
제품 사양
| Nucleic Acid Input | Fragmented DNA, PCR 제품 |
| Output | 선별된 사이즈의 DNA |
| 사이즈 선택 범위 | 150–800 bp |
| Bead Ratio | 사이즈 선택: 선택 포인트에 따라 다름, 클린업: 1.8X. |
| Format | 액체 |
| Volumes | 5 mL, 60 mL, 또는 450 mL |
| 어플리케이션 | DNA 사이즈 선별, PCR 정제, NGS 클린업 |
| Processing mode | 자동 또는 수동 |
| Technology | SPRI 상자성 비드 기반 기술 |
| Storage | 실온 보관 |
데이터 및 성능
SPRISelect 시약을 사용하여 E. coli 에서 전단된 gDNA에 대해 두 가지 크기 선택을 수행했습니다. 크기 선택마다 세 번의 반복이 수행되었습니다. 세 번의 반복이 모두 매우 일정한 크기 선택 기능을 나타냈습니다. (왼쪽) 왼쪽 크기 선택을 위해 샘플 비율 0.5x로 결합. (오른쪽) 오른쪽 크기 선택을 위해 샘플 비율 0.5x로 결합. DNA 크기는 Agilent 2100 Bioanalyzer 고감도 칩을 사용하여 측정했습니다. 43 및 115의 피크는 internal marker입니다.


워크플로우 및 프로토콜
SPRIselect Left Side Size Selection 워크플로우

- DNA를 자성 비드에 결합
- 비드를 오염 물질에서 분리
- 자성 비드를 85% 에탄올로 세척하여 오염 물질 제거
- 자성 비드에서 DNA를 용출
- 새 플레이트로 이동
SPRIselect Right Side Size Selection 워크플로우
- DNA를 자성 비드에 결합
- 상층액을 새 플레이트로 옮김
- DNA를 자성 비드에 결합
- 비드를 오염 물질에서 분리
- 자성 비드를 85% 에탄올로 세척하여 오염 물질 제거
- 자성 비드에서 DNA를 용출
- 새 플레이트로 이동
SPRIselect 비드 기반 시약은 배치 크기 또는 전체 처리량에 따라 수동으로 사용하거나 자동분주시스템에서 자동으로 사용할 수 있습니다.
이 표에서 SPRIselect 시약을 사용하여 Biomeck i7 하이브리드 워크스테이션에서 8, 24, 48 및 96 DNA 크기 선택을 수행하는 데 필요한 예상 작업 시간과 총 시간(분)을 확인할 수 있습니다.
Biomek i-Series 워크스테이션의 자동화된 DNA 크기 선택에 대한 자세한 내용은 어플리케이션 노트를 참조하십시오..
| 수동 워크플로우 | 자동화된 워크플로우 | |||
|---|---|---|---|---|
| Batch Size | 8 | 작업 시간 | 10 | 10 |
| 총 시간 | 20 | 40 | ||
| 24 | 작업 시간 | 15 | 10 | |
| 총 시간 | 25 | 42 | ||
| 48 | 작업 시간 | NR | 15 | |
| 총 시간 | NR | 51 | ||
| 96 | 작업 시간 | NR | 15 | |
| 총 시간 | NR | 60 | ||
NR = Not Recommended
자주 묻는 질문
두 시약의 가장 큰 차이는 의도된 용도입니다. SPRIselect 시약은 로트마다 정확하고 일관성 있는 DNA 크기 선택을 위해 고안되고 검증되었으며, AMPure XP 시약은 기본적으로 PCR 정제 및 NGS 클린업을 위해 검증되었습니다. 차이에 대한 자세한 내용은 여기에서 확인하십시오.
모든 어플리케이션에 대해 해동 후의 적합성이나 안정성을 보장할 수 없습니다..
아니요. 최종 목적 플레이트로 캐리오버된 비드는 다운스트림 효소 반응에서 불활성입니다.
권장량은 40μL입니다. 비드가 용출 완충액에 잠겨있어야 합니다. 그렇지 않으면 용출액을 다른 플레이트로 옮길 때 과도한 비드 캐리오버가 발생하거나 수율이 낮을 수 있습니다. 대부분의 96 well PCR 플레이트에서 비드가 잠기게 하는 데 40μL가 필요합니다. 타사 실험 장비와 자기 분리 플레이트의 특정한 조합을 사용하면 용출 부피가 감소할 수 있습니다.
SPRIselect 비드는 결합, 세척 및 용출을 위해 다원적 화학 평형을 활용합니다. 결합 완충 성분이 비드의 작용기가 많은 결합 부위에서 핵산 고정을 용이하게 하고, 세척 단계는 이러한 섬세한 평형을 유지하면서 오염물을 용해시켜 제거합니다. 용출은 이러한 균형을 방해하고 핵산을 재용해하여 비드에서 분리되도록 합니다.
선택한 단편 크기의 범위에 따라 회수량이 달라지며, 투입 샘플에 크게 영향을 받습니다. 일반적으로 특이도가 증가하면(그리고 선택한 단편 크기의 범위가 좁아지면) 수율도 감소합니다.
벡크만쿨터 라이프사이언스 SPRIselect 기술 문서는 여기에서 확인하십시오.
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인용
SPRIselect 시약은 Google Scholar의 3,000개 이상의 출판물에서 인용되었으며 Science, Nature 및 PNAS의 기사에서도 언급되었습니다. 세 가지 주요 기사는 다음과 같습니다:
Greenwald WW et al. Subtle changes in chromatin loop contact propensity are associated with differential gene regulation and expression. Nat Commun. 2019 Mar 5;10(1):1054. doi: 10.1038/s41467-019-08940-5.
Kubo M et al. Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation. Nucleic Acids Res. 2019 May 21;47(9):4539-4553. doi: 10.1093/nar/gkz181.
Behera V et al. Interrogating Histone Acetylation and BRD4 as Mitotic Bookmarks of Transcription. Cell Rep . 2019 Apr 9;27(2):400-415.e5. doi: 10.1016/j.celrep.2019.03.057.
기술문서
Products and demonstrated applications are not intended or validated for use in diagnostic procedures.


