SPRISelect Size Selection Performance and Data
SPRISelect Size Selection 솔루션 성능 및 데이터
차세대 시퀀싱(NGS)은 오늘날 게놈학 연구에서 가장 대표적인 기술입니다. 프론트 엔드 작업의 긴 목록에는 유연한 솔루션을 필요로 하는 다양한 라이브러리 준비 요구 사항이 있습니다. DNA의 크기는 원하는 시퀀싱 결과를 생성하는 데 직접적인 영향을 미칩니다. SPRISelect 시약 키트는 과학자들이 size selection 프로세스를 보다 유연하게 제어할 수 있도록 설계되었습니다. 이 시약은 성능이 입증된 업계 최고의 SPRI(Solid Phase Reversible Immobilization) 기술을 통해 강력하고 재현 가능하며 사용자 정의가 가능한 size selection 기능을 제공합니다.
- 150~800개 base pair를 조절 가능하여 특정 작업 및 시퀀서에 맞게 조정 용이
- 효율적인 자성 비드 기술로 젤, 칩 또는 특수 장비 불필요
- 96-웰 플레이트에서 높은 처리량 처리하기 위해 수동에서 자동으로 확장 가능
이중 Size Selection 성능
좌측의 size selection은 대상 크기보다 작은 DNA를 제거하고 우측의 size selection은 대상 크기보다 큰 DNA를 제거했습니다. 좌측 및 우측의 size selection을 모두 사용하면 더 작은 범위의 DNA 크기를 대상으로 삼을 수 있습니다.
SPRISelect는 대장균의 전단 gDNA에서 이중 size selection에 사용되었습니다. [그림 A] 400bp의 비율로 좌측 size selection. [그림 B] 200bp의 비율로 우측 size selection. [그림 C] 좌측 size selection(빨간색)과 우측 size selection(파란색)의 오버레이. [그림 D] 이중 size selection은 대상 절단면 위와 아래의 조각을 제외하고 200bp와 400bp 사이의 대상 영역을 캡처합니다. [그림 E] 대장균의 전단 gDNA. 모든 DNA 크기에 대해 Agilent 2100 Bioanalyzer 고감도 칩(Agilent)을 사용하여 측정했습니다. 35 및 10300의 피크는 내부 표시입니다.
재현 및 조정 가능
SPRISelect는 실행별(run to run) 및 로트별(lot to lot) 재현성을 보장하는 엄격한 사양으로 제조되었습니다.
SPRISelect를 사용하여 대장균에서 얻은 전단 gDNA에 대해 2개의 상이한 size selection 작업을 수행했습니다. 각 size selection마다 3회씩 작업을 반복하였습니다. 3개의 반복 작업에서는 size selection 기능이 매우 일관되게 나타납니다. (좌측) 좌측 size selection을 위해 0.5x의 샘플 비율에 바인딩합니다. (우측) 우측 size selection을 위해 0.5x의 샘플 비율에 바인딩합니다. DNA 크기는 Agilent 2100 Bioanalyzer 고감도 칩(Agilent)을 사용하여 측정했습니다. 43 및 115의 피크는 내부 표시입니다.
(좌측) size selection 비율 0.5x. (우측) size selection 비율 0.5x.
다른 공급업체에 비해 수동 실험 시간 단축
SPRISelect 및 2개의 다른 시판 키트를 사용하여 대장균의 전단 gDNA에서 size selection 했습니다. (좌측) 그래프는 단일 size selection 또는 클린업 시간을 나타냅니다. 단일 size selection을 위한 SPRISelect 워크플로우는 공급업체 A 및 공급업체 B보다 각각 4.2배 및 2배 더 빠릅니다. (우측) 그래프는 이중 size selection 시간을 나타냅니다. 이중 size selection을 위한 SPRISelect 워크플로우는 공급업체 A 및 공급업체 B보다 각각 3.8배 및 2배 더 빠릅니다. SPRISelect는 3개의 공급업체 중 처리 시간이 최소일 확률이 50% 이상입니다. 시간은 직접 수행한 8개의 샘플에 대한 size selection에 기초합니다. 
SPRIselect Left Size Selection 워크플로우
대상 크기보다 큰 DNA 선택.
- DNA를 자성 비드에 결합
- 오염 물질로부터 비드 분리
- 오염 물질을 제거하기 위해 85% 에탄올로 자성 비드 세척
- 자성 비드에서 DNA를 용출
- 스토리지 플레이트로 이동
SPRIselect Right Size Selection 워크플로우
대상 크기보다 작은 DNA를 선택하거나 대상 영역 내에서 DNA를 선택.
- DNA를 자성 비드에 결합
- 상청액을 새로운 플레이트로 이동
- DNA를 자성 비드에 결합
- 오염 물질로부터 비드 분리
- 오염 물질을 제거하기 위해 85% 에탄올로 자성 비드 세척
- 자성 비드에서 DNA를 용출
- 스토리지 플레이트로 이동
손쉬운 수동 또는 자동 실행
SPRISelect를 사용하여 8, 24, 48 및 96 DNA 샘플에서 이중 size selection을 수행하는 데 필요한 실습 시간 및 총 시간(분). Biomek 워크스테이션에서 여러 방법을 수동 또는 자동으로 수행할 수 있습니다. 이 표는 Biomek i7 하이브리드에서 수행된 자동화 시간을 나타냅니다. 수동과 자동화의 시간 차이를 확인할 수 있습니다. NR = 권장되지 않음.
| SPRISelect | 수동 | 자동화 | ||
|---|---|---|---|---|
| 배치 크기 | 8 | 수동 시간 | 10 | 10 |
| 총 시간 | 20 | 40 | ||
| 24 | 수동 시간 | 15 | 10 | |
| 총 시간 | 25 | 42 | ||
| 48 | 수동 시간 | NR | 15 | |
| 총 시간 | NR | 51 | ||
| 96 | 수동 시간 | NR | 15 | |
| 총 시간 | NR | 60 | ||
크기 선택용 제품
| 부품 번호 | 이름 | PREP |
|---|---|---|
| B23317 | SPRISelect 시약 | 5mL |
| B23318 | SPRISelect 시약 | 60mL |
| B23319 | SPRISelect 시약 | 450mL |
질병 또는 기타 상태의 진단 용도로 의도되거나 검증되지 않았습니다.
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