AMPure XP 비드 기반 시약

어플리케이션: PCR 정제, DNA 클린업, NGS 클린업

비드 기반 차세대 시퀀싱(NGS) 클린업의 골드 스탠다드로, 실제로 신뢰할 수 있는 염기서열 분석 업체에서 제공하는 200개 이상의 라이브러리 구성 키트 제조업체에서 권장되고 있습니다.

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개요

AMPure XP 비드 기반 시약은 염기서열 분석, qPCR/ddPCR/PCR, 마이크로어레이 및 기타 효소 반응과 같은 다양한 게놈 응용 분야에서 DNA 클린업 단계를 수행하기 위해 개발되었습니다. 이는 상자성 비드를 사용하여 핵산을 유형과 크기별로 선택적으로 결합하는 검증된SPRI 기술을 기반으로 합니다.

DNA를 사용하여 작업

100bp를 초과하는 높은 앰플리콘 회수율

결합되지 않은 dNTP, 프라이머, 프라이머 다이머, 염류 및 기타 오염 물질의 효율적인 제거

예측 가능하고 일관된 크기 선택

회수, 일관성 및 속도를 극대화하여 전체 NGS 워크플로우를 촉진하는 AMPure XP 시약은 오늘날 게놈 응용의 엄격한 요구 사항을 충족하고 중요한 유전 정보의 손실 위험을 최소화합니다. 그렇기 때문에 Illumina, Oxford Nanopore Technologies, PacBio 및 Thermo Scientific과 같이 업계에서 가장 신뢰할 수 있는 염기서열 분석 업체의 키트를 포함하여 200개 이상의 NGS 라이브러리 준비 키트에서 종종 유일한 클린업 옵션으로 제안되고 있습니다.

사양

핵산 인풋 PCR 산물, 단편화된 DNA
아웃풋 DNA
회수 AMPure XP 시약은 PCR 산물 100bp< 정제를 위해 개발되었습니다. 정상 회수 범위는 60~90%이며, 일반적으로 70~90% 사이입니다.
비드 비율 클린업 시 1.8배.자세히 알아보기
형식 액체
볼륨 5 mL, 60 mL, 또는 450 mL
어플리케이션 PCR 정제, DNA 클린업, NGS 클린업
처리 모드 자동 또는 수동
기술 SPRI 상자성 비드 기반 기술
보관 4 °C

데이터 및 성능

AMPure XP 시약을 사용하여 정제된 전단 gDNA의 Agilent TapeStation 시스템 추적 결과, AMPure XP 시약이 효율적인 회수를 유지하면서 예측 가능한 성능을 제공한다는 것을 보여주었습니다. 이는 참조와 1.8배 비율 간의 상대적인 차이로 입증되었습니다.

Agilent TapeStation traces of sheared gDNA purified using the AMPure XP beads from Beckman Coulter Life Sciences
차트 색상 비드/샘플 비율
분홍색 인풋/레퍼런스
빨간색 1.8배
파란색 0.9배
초록색 0.7배
하늘색 0.6배

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중요한 데이터 손실 방지

연구에 훨씬 더 많은 투자가 이루어졌다면 AMPure XP 시약이 정제 및 클린업 단계를 위한 유일한 선택입니다. 이 중요한 단계에서 수율이 손실되면 연구에서 발견의 손실로 이어질 수 있습니다. AMPure XP 시약을 사용하면 다른 클린업 시약에 비해 최대 34% 더 많은 유전 정보를 유지할 수 있습니다..

Investing in AMPure XP Beads for Cleanup and Size Selection Retains Up to 34% of Genetic Information

인포그래픽은 다양한 NGS 응용 작업을 수행하는 데 필요한 여러 단계의 상대적인 비용을 보여줍니다. 이러한 단계에는 추출, 라이브러리 구성, 라이브러리 보강, 클린업 및 염기서열 분석이 포함됩니다. 비용은 시중에서 판매되는 키트 및 시약의 2017년 평균 정가를 기준으로 계산되었습니다. 클린업 효율성은 알려진 양의 DNA에 대한 클린업 절차를 수행한 후 Picogreen Assay를 통해 총 DNA 수율을 결정하여 계산했습니다. 그런 다음 AMPure XP 시약 성능에 대한 퍼센트 수율을 사용하여 다양한 상용 라이브러리 구성 방법과 정제 시약의 변경의 효율성에 대한 영향을 계산했습니다.

워크플로우 및 프로토콜

AMPure XP 수동 워크플로우

AMPure XP Beads - Manual Workflow - Beckman Coulter Life Sciences
  1. DNA를 자성 비드에 결합
  2. 비드를 오염 물질에서 분리
  3. 자성 비드를 70% 에탄올로 세척하여 오염 물질 제거
  4. 자성 비드에서 DNA 용출
  5. 새 플레이트로 이동

  

AMPure XP 비드 기반 시약은 배치 크기 또는 전체 처리량에 따라 수동으로 사용하거나 자동 분주기서 자동으로 사용할 수 있습니다.

이 표에서 48, 96 및 4 x 96 AMPure XP 클린업을 수행하는 데 필요한 예상 작업 시간과 총 시간(분)을 확인할 수 있습니다.

Biomek i5 Multichannel 96 Genomics Workstation에서 AMPure XP PCR 정제 시스템의 자동화에 대한 자세한 내용은 어플리케이션 노트를 참조하십시오.

어플리케이션 노트 보기

수동 워크플로우 자동 워크플로우
배치 크기 48 작업 시간 25 5
총 시간 25 22
96 작업 시간 30 5
총 시간 30 22
4 x 96 작업 시간 NR 10
총 시간 NR 46

NR = 권장하지 않음(Not Recommended)

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추천 동영상

자주 묻는 질문

해당 시약은 DNA와 RNA를 결합합니다. 그러나 RNAClean XP 시약은 RNase 무함유 조건에서 제조되며 RNase 무함유를 확인하기 위해 QC 테스트를 거치지만, AMPure XP 시약은 그렇지 않습니다.

AMPure XP 시약은 병에 표시된 보관 온도에 대해 제조되고 테스트되었으며 해당 온도에서만 성능을 보장할 수 있습니다.

벡크만쿨터 라이프사이언스 AMPure XP 기술 문서는 여기에서 확인할 수 있습니다..

다른 조직에서 개발한 크기 선택 프로토콜이 존재하더라도 당사는 성능을 보장하거나 해당 어플리케이션을 지원할 수 없습니다. 크기 선택을 위해 특별히 개발된 SPRIselect 시약을 사용할 것을 권장합니다. AMPure XP와 SPRIselect 시약의 차이에 대해 자세히 알고 싶으십니까? 여기에서 확인할 수 있습니다..

아니요. 최종 목적 플레이트로 캐리오버된 모든 비드는 다운스트림 효소 반응에서 불활성입니다.

예. 그러나 용출액이 줄어들면 회수율도 감소합니다. 또한 분리 과정 중에 비드가 자석에 도달하지 못하면 비드 캐리오버를 방지해야 할 경우 용출액을 일부 남겨두어야 할 수도 있습니다. 비드를 용출 완충액에 완전히 재부유시켜야 합니다.

비드의 결합 용량은 어떤 샘플 유형에서도 초과할 수 없을 만큼 높습니다. 최소 7μg의 핵산을 1μL AMPure XP 시약에 결합할 수 있지만, 샘플의 점성이 너무 높아져 피펫팅하기가 어려워집니다.

회수량은 단편 크기, 샘플 볼륨, 샘플 농도, 용출액 볼륨 및 기타 요인에 따라 달라집니다. 이상적인 조건에서 회수율은 최대 90%까지 가능하지만, 최적이 아닌 경우 60%까지 낮아질 수 있습니다.

AMPure XP 비드는 결합, 세척 및 용출을 위해 다원적 화학 평형을 활용합니다. 결합 완충 성분이 비드의 작용기가 많은 결합 부위에서 핵산 고정을 용이하게 하고, 세척 단계는 이러한 섬세한 평형을 유지하면서 오염 물질을 용해시켜 제거합니다. 용출은 이러한 균형을 방해하고 핵산을 재용해하여 비드에서 분리되도록 합니다.

마지막 에탄올 세척액을 제거한 후 및 용출 완충액을 추가하기 전에 건조 단계를 통합할 수 있습니다. gDNA와 같은 매우 큰 단편을 정제하는 경우 회수가 저하되기 때문에 건조 단계가 권장되지 않습니다. 최대 40kb의 단편은 건조 단계를 견딜 수 있는 것으로 알려져 있습니다.

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인용

AMPure XP 시약은 Google 학술 검색의 52,000개 이상의 출판물에서 인용되었으며 Science, Nature, PNAS의 기사에서도 언급되었습니다. 두 가지 주요 기사는 다음과 같습니다.

Cleanup barcoded PCR reactions during library preparation
Greenwald WW et al. Subtle changes in chromatin loop contact propensity are associated with differential gene regulation and expression. Nat Commun. 2019 Mar 5;10(1):1054. doi: 10.1038/s41467-019-08940-5.
Cleanup cDNA
Peffers MJ et al. Transcriptomic profiling of cartilage ageing. Genom Data. 2014 Mar 19;2:27-8. doi: 10.1016/j.gdata.2014.03.001.

기술문서

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